Botoks uygulaması sonrası görülen komplikasyonlar ve yan etkiler injeksiyon ile ilişkili veya botulinum toksin ile ilişkili olarak sınıflandırılabilir. 

Genel enjeskiyon ile ilişkili komplikasyonlardan olan ağrı ince uçlu iğneler kullanıldığı için hafiftir . Gerekirse buz ve ya topikal anestezi kullanılarak hafiflettilebilir. Fakat tedavi öncesi anestezi tedavi süresini uzatabilir 

Morluk en sık botoksla kaz ayağı bölgesi tedavisinde görülür . Bu morarma ince iğne ucu kadar olabileceği gibi çeyrek boyutunda ekimoz veya çok nadiren hematom boyutunda da görülebilir. Çözülme süresi boyutuna ve hastanın fizyolojisine göre değişiklik göstere bilir. Geniş ölçülü morarmalar 1-2 haftaya kadar kalabilirler. Morluk oluşmasını önlemek için öneriler ilken öncesi kontrol listesinde yer almaktır. Morluğa hemen buz ve baskı uygulanması büyümesini engelleyebilir . 

Eritme ve ödem hemen her uygulamada görülür ve uygulama sonrası birkaç saatte çözülür . Sıkı kompresyon özellikle alın bölgesinde ödem oluşmasını azaltır . Buz genellikle gerekli değildir. 

Baş ağrıları üst yüz uygulamalarında görülebilir ve genellikle birkaç gün içinde geçer. Ağrı için NSAİD ‘ler genellikle yeterlidir.

Botoks uygulamasında enfeksiyon genellikle nadirdir fakat deriye her müdahale enfeksiyon riski taşır. En sık nedeni bakteriler ve Herpes Simpleks reaktivasyonudur. Birkaç günden uzun süren ağrı, hassasiyet ve eritem değerlendirilmeli, gerekirse tedavi edilmelidir. 

Hissizlik ve dizedeydi nadir görülür ve enjeksiyona bağlı sinir hasarı sonucu görülebilir . 

En sık görülen komplikasyon anksiyetedir. Bu durum enjeksiyon ekipmanlarının hastaya gösterilmemesi ve nefes alma teknikleriyle azaltılabilir.

Şiddetli anksiyetesi olan hastalara işlem öncesi medikasyon gerekebilir

Vazovagal ataklar riski taşıyan bu hastalar için acil müdahale protokolü olması önerilmeltedir . 

Botulinum Toksini - ilişkili komplikasyonlar 

Enjeksiyon sırasında lokal yanma ve batma, göz kapaklarında sarkma, Kaş’ta sarkma, alt göz kapağı kenarında eversiyon , tam olmayan göz kapağı kapanması, kuru göz , göz yaşı fazlalığı,çift görme, gör kırpma refleksinde bozulma, fotofobi,göz altı torbalarında kötüleşme, asimetrik gülümseme ile sonuçlanan dudak pitozisi, bozulmuş konuşma, yemek yeme,içme ve salya akması ile sonuçlanan oral yetersizlik, yanakta gevşeklik , bozulmuş telaffuz, ciddi olgularda yutmada güçlük , boyunda güçsüzlük , yüzde bölgesinde  asimetri gibi komplikasyonlar oluşabilir 

Bazı komplikasyonlar etkilenen kasların antagonisti olan kaslara toksin uygulaması ile iyileştirilebilir fakat çoğu komplikasyonda düzeltici bir tedavi yoktur ve botoksun etkisinin azalması ile kendiliğinden düzelir . Düşük sulandırma hacmi ve hedeflenen kas içine hassas enjeskiyon tekniğini kullanmak botoksun komşu kaslara yayılmasını, istenmeyen etkilerini ve komplikasyonları minimuma indirir.